01-10-2023
Азлактоны - оксазолиноны, получаемые циклизацией N-ацил-α-аминокарбоновых кислот - оксазол-5(4H)-оны (насыщенные азлактоны) их производные - 4-гидрокарбилиденазлактоны (ненасыщенные азлактоны)[1]
en:Erlenmeyer–Plöchl azlactone and amino-acid synthesis - схемы из de.
Peptide Synthesis Bergmann Azlactone
http://www.chem.isu.ru/leos/base/name/name03.html Получение пептидов аммонолизом азлактонов аминокислотами или их эфирами. В реакции могут использоваться азлактоны, полученные из дипептидов с замещенными аминогруппами. Исходные азлактоны легко получаются дегидратацией соответствующих N-ацилированных аминокислот. Если эту реакцию вести в присутствии альдегида, то образующиеся непредельные соединения после аммонолииза дают начало пептидам, содержащим ненасыщенные аминокислоты.
en:Dakin–West reaction - схемы из de.
Из салицилового альдегида - http://books.google.com.ua/books?id=1N-MZVSesTcC&pg=PA229&lpg=PA229 (также модификации!)
Из о-формилбензойной кислоты - http://proj3.sinica.edu.tw/~chem/servxx6/files/paper_10962_1246598399.pdf
побочное образование насыщенных азлактонов
рацемизация аминокислот через азлактоны - образование стабилизированного ахирального аниона: проблема пептидного синтеза (t-BOC и Fmoc защита в основном свободна от этой проблемы) http://books.google.com/books?id=DIlrgvhJ8YkC&pg=PA37&lpg=PA37&dq=racemization+azlactones&source=bl&ots=KND6nhp7-v&sig=acJjTT3dooy9IRpJvuMG-YZYTqU&hl=ru&ei=tsjqTNWkCcGUOua-kIkK&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=4&ved=0CDEQ6AEwAw#v=onepage&q&f=false
также du Vigneaud, Vincent; Curtis E. Meyer (1932). «The Temporary Formation of the Azlactone Ring in the Racemization of Acyl Derivatives of Amino Acids with Acetic Anhydride». Journal of Biological Chemistry 99 (1): 143–151. Проверено 2013-07-17.
Энантиоселективный синтез эфиров N-ациламинокислот из рацемических насыщенных азлактонов Berkessel, Albrecht; Felix Cleemann, Santanu Mukherjee, Thomas N. Müller, Johann Lex (2005). «Highly Efficient Dynamic Kinetic Resolution of Azlactones by Urea-Based Bifunctional Organocatalysts». Angewandte Chemie International Edition 44 (5): 807–811. 1521-3773. Проверено 2013-07-17.
Асимметричное присоединение по Михаэлю метилпропиолата (+ Z/E стереоселективность) http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2013/sc/c2sc22027j
asymmetric allylic alkylation http://www.sigmaaldrich.com/etc/medialib/docs/Aldrich/Acta/al_acta_40_03.Par.0001.File.tmp/al_acta_40_03.pdf (путь к четвертичным аминокислотам) также http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0040402011011847
Циклиты - гидроксилированные циклоалканы, содержащие как минимум три гидроксильных группы у различных углеродных атомов цикла[1]. Наибольшее практическое значение имеют имеют гексагидроксициклогексаны - инозиты и их производные, широко распространенные в природе.
http://portal.tpu.ru/SHARED/b/BELYANIN/Education/Modern_problem_ChT/Posobie.pdf - раздел по циклитам.
Nomenclature of Cyclitols (Recommendations 1973) // IUBMB
Carter, H. E.; R. K. Clark, S. R. Dickman, Y. H. Loo, J. S. Meek, P. S. Skell, W. A. Strong, J. T. Alberi, Q. R. Bartz, S. B. Binkley, H. M. Crooks, I. R. Hooper, M. C. Rebstock (1946-11-01). «Degradation of Streptomycin and the Structure of Streptidine and Streptamine». Science 103 (2663): 53-54. 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. Проверено 2013-07-17.
Циклиты с углеродными заместителями - Карбосахара и Шикимовая кислота как окисленный карбосахар Циклитолы, несущие дополнительно гидроксиметиленовую группу, получили название карбосахаров, так как их молекулы можно рассматривать как молекулы моносахаридов, где циклоацетальный кислород замещен на углеродный атом.
Как ингибиторы гликозидаз. cyclophelitol - бета-гликозидазы http://link.springer.com/referenceworkentry/10.1007%2F978-3-540-30429-6_49#page-1
Циклопента карбосахара
Синтез из функционализированных еноз Othman, A A; N A Al-Masudi, U S Al-Timari (1978-10). «A new route to the synthesis of cyclitol derivatives». The Journal of antibiotics 31 (10): 1007-1012. 0021-8820.
Синтез из бензолов через циклогексадиендиол Mandel, Martin; Tomas Hudlicky (1993). «14372096 09365214, 14372096. Проверено 2013-07-17.
| Kurgus/Draft1 | |||||||||||||
Зарисовка Haloquadratum walsbyi, окрашенных акридиновым оранжевым, флуоресцентная микроскопия |
|||||||||||||
| Научная классификация | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
промежуточные ранги
|
|||||||||||||
| Международное научное название | |||||||||||||
|
Haloquadratum Burns et al., 2007 |
|||||||||||||
|
|||||||||||||
http://books.google.com.ua/books?id=5Zcx7Dc-gvcC&pg=PA233&dq=haloquadratum&hl=ru&sa=X&ei=naxOUpPdBY7Q4QSAsoHYDA&redir_esc=y#v=onepage&q=haloquadratum&f=false
стр. 233 размеры клеток - при толщине 0.1-0.5 мкм ширина 2-5 мкм, в свежих культурах наблюдались гигантские клетки шириной от 20 до 40 мкм.
стр. 234 - высокие концентрации MgCl2 необходимы для сохранения формы клеток, проблема культивирования - низкая скорость роста - период удвоение 1-2 дня.
О садочных бассейнах, видовой состав микрофлоры, стр. 84 http://books.google.com.ua/books?id=n5UI4uhgLx8C&pg=PA84&dq=haloquadratum&hl=ru&sa=X&ei=tHZOUtvQJdSk4ASG7YDgBQ&redir_esc=y#v=onepage&q=haloquadratum&f=false
Культивируемость, рост в присутствии других бактерий стр. 86
стр. 185 и далее - раздел по "квадрату" История - квадратность - артефакт кристаллизации. Проверка Walsby - электронная микроскопия показала, что поверхность креток покрыта частицами ~20 нм, образующими гексагональную решетку, что типично для для поверхности haloarchaea (Parkers & Walsby 1981)
Стр. 190 Газовые везикулы - одна из необычных особенностей, отмеченных Walsby Такие везукулы известны у планктонных видов бактерий и архей, обеспечивают плавучесть - в частности, регулирование объема позволяет осуществлять вертикальные миграции. У квадратов везикулы имеют цилиндрическую форму с коническими оконечностями, длина варьирует от 80 до почти 1000 нм, зачачтую везикулы концентрируются у ребер квадрата, наблюдаются и клетки, объем которых почти полностью заполнен везикулами. В формировании везикул участвуют 14 генов, однако за их стабильность отвечают 2 белка: GvpA, который составляет 95% (в белковом составе) стенок везикул, образуя их жесткий каркас и GvpС, связывающийся с GvpA наружной стенки везикул и стабилизирующий их.
Функция - удерживать у поверхности рассола, обогащенной кислородом и светом, концентрация везукул у "ребер" обеспечивает aid cells to position themselves close and parallel to the water surface, thus optimizing light absorption by the photoactive retinal proteins - http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0018653
там же - настолько тонкие, что при нанесении препарата на предметное стекло микроскопа у крупных клеток углы загинаются - нерегулярная форма. + фото гексагонального S-layer
стр. 191 - крупные, и в отличие от светлых газовых везикул, темные гранулы - запас поли-бета-гидроксимасляной кислоты, состав был подтвержден окраской нильским голубым. У архей впервые обнаружены у квадратов и некоторое время считались отличительным признаком, но Haloferax mediterranei и Haloarcula
Стр.192-193 Причина "квадратности", вероятно, наличие поверхностного слоя и отсутствия тургора в сверхсоленой среде, фактически, они скорее представляют собой сильно сплющенный перпендикулярно оси цилиндр. Адаптационная ценность - вісокое отношение поверхнисти к обїему и "короткие" внутриклеточные пути: прокариоты, в отличие от эукариот, лишены специализированных механизмов внутриклеточного транспорта - только диффузия (взять рис. 2)
Образуют ковры или паркетное покрытие из множества клеток, которые, однако, при подготовке микроскопического препарата легко складываются или сворачиваются, образуя розетки неправильной формы.
стр. 196-197 Культивирование - первоначально считались некультивируемыми. Затем удалось добиться роста, добавив пептон к естественному рассолу/рапе, содержащ. квадраты, однако на агаре не пошло (колония на агаре - классичсеккий метод изоляции чистой культуры микроорганизма). Успех - обогащение в олиготрофной элективной среде с 0.01% дрожжевого экстракта и 0.1% пирувата и затем колонии на агарозе с низкой концентрацией дрожжевого экстракта и пируватом натрия в качестве источника углерода (Bolhuis 2004).
Прочие почти-квадраты - роды Haloferax и Haloarcula, недостаточно квадратні и не содержат газ. везикул.
spht phylotype!
Haloferax volkanii - диск.
Вирус - стр. 83
http://books.google.com.ua/books?id=t_EgsgIY-_AC&pg=PA351&dq=haloquadratum&hl=ru&sa=X&ei=tHZOUtvQJdSk4ASG7YDgBQ&redir_esc=y#v=onepage&q=haloquadratum&f=false
стр. 353-354 Пищевая цепь: водоросли синтезируют глицерин как осмотический агент, Salinibacter ruber метаболизирует до 1,3-дигидроксиацетона, который потребляется квадрпатами. Оба вида метаболизируют ацетат и аминокислоты.
стр. 351 Особенность - низкое содержание G+C в ДНК (~47 мол.%) по сравнению с другими Halobacteriaceae (59-71 мол. %)
http://books.google.com.ua/books?id=Esi4D4NjvskC&pg=PA209&dq=haloquadratum&hl=ru&sa=X&ei=naxOUpPdBY7Q4QSAsoHYDA&redir_esc=y#v=onepage&q=haloquadratum&f=false
стр. 209: У квадратов, как и у ряда других галофильных архей, ДНК связывается с высокоосновным белком MC1
ЧТО С ФЛАГЕЛЛАМИ?
Фототрофия - http://www.biomedcentral.com/1471-2164/7/169 Там же фото с везикулами и гранулами
Участник:Kurgus/Draft1.
